Bruk av genomsekvensering i resistensbestemmelse av bakterier

Utviklingen av såkalte «bench-top-sequencers» og reduserte kostnader har ført til at genomsekvensering er blitt mer tilgjengelig også for kliniske mikrobiologiske avdelinger. Flere studier har i de senere år vist at genomsekvensering kan ha flere bruksområder i forhold til diagnostisk virksomhet innen klinisk mikrobiologi. 

I 2015 opprettet EUCAST en subkomité ledet av Prof. Neil Woodford ved Public Health England, for å gjennomgå status i forhold til bruk av genomsekvensering for resistensbestemmelse av bakterier. Ørjan Samuelsen fra K-res deltok i subkomiteen sammen med ledende eksperter innen feltet. 

Rapporten har gått gjennom eksisterende litteratur i feltet med fokus på bakterier hvor resistens er et stort problem. Hovedkonklusjonen i rapporten er at kunnskapsgrunnlaget er begrenset eller manglende for de fleste bakterier i forhold til S-I-R kategorisering og terapeutisk veiledning/pasient behandling. 

Dagens metoder for resistensbestemmelse baserer seg på vurdering av bakteriens vekst ved tilstedeværelse av antibiotika og reflekterer et komplekst samspill av flere mekanismer som kan forårsake resistens, ikke bare tilstedeværelse av et resistensgen/mutasjon. Dette inkluderer blant annet økt uttrykk av enzymer, tilgang til målmolekyl, effluks pumper og redusert permeabilitet. 

Slike komplekse samspill er svært utfordrende å studere basert på sekvensdata. Økt kunnskap om forholdet mellom fenotypi og genotypi, samt utvikling av bioinformatiske verktøy er derfor nødvendig om genomsekvensering skal få en rolle i resistensbestemmelse og terapeutisk veiledning. 

Videre peker rapporten på flere andre utfordrende aspekter som blant annet manglende internasjonale aksepterte kriterier for kvalitetskontroll av sekvensdata, tilgang til en kontinuerlig oppdatert standardisert database over resistensgener/mutasjoner og kostnader. 

Subkomiteen konkluderer videre med at genomsekvensering i nær fremtid kan erstatte fenotypisk testing i forhold til overvåkning av resistens hos noen bakteriearter som f.eks. S. aureus hvor korrelasjonen mellom fenotypi og genotypi er relativt god. Genomsekvensering kan også erstatte fenotypiske undersøkelser i referanselaboratorier så fremt ikke formålet er å veilede i pasientbehandling. 

For spørsmål vedrørende rapporten kontakt Ørjan Samuelsen (orjan.samuelsen@unn.no).