Cystoskopi gjøres ved utredning på mistanke om kreft i blæren. Pasienter med påvist og behandlet overfladisk blærekreft følges med denne undersøkelsen etter faste intervaller for å se etter tilbakefall.
Cystoskopi utføres også ved utredning av andre symptomer fra urinveiene hvor det er viktig å avklare om det er sykdom inne i urinblæren eller urinrøret. Det kan være tilstander som urinlekkasje, vansker med å tømme blæren, smerter i blæren, eller tilbakevendende urinveisinfeksjoner.