Mikrobiologisk laboratorium

Avdeling for mikrobiologi og smittevern har sine hovedfunksjoner innen forebygging og diagnostikk av infeksjonssykdommer i Nord-Norge. De konkrete arbeidsoppgavene omfatter:

1. Mikrobiologisk og infeksjonsbiologisk rutinediagnostikk 
2. Smittevern på lokalt og regionalt nivå
3. Sykehus/universitetsfunksjoner som undervisning og forskning

Avdelingens faglige virksomhet er organisert i 10 faggrupper:

Allmenn bakteriologi
Utfører miljøundersøkelser og generelle bakteriologiske undersøkelser fra sår, puss, vevsprøver, spinalvæske, blodkultur og urin.

Spesiell bakteriologi
Utfører undersøkelser på tuberkulose, sopp, parasitter samt fæcesdyrkning og undersøkelser på veneriske prøver.

Medieproduksjon
Produksjon av medier til diagnostikk. Alle medier som benyttes i mikrobiologisk diagnostikk i avdelingen kvalitetskontrolleres før de klareres for bruk.

Pre-analytisk arbeid
Preanalytisk mottak av biologiske prøver.

Infeksjonsserologi
Utfører serologiske undersøkelser.

Molekylærbiologi
Utfører viruspåvisning og molekulærbiologiske analyser.

Forskning og utvikling (FoU)
Metodeutvikling og forskning innen bakteriologi, virologi og molekylærbiologi. 4 forskere og 4 spesialbioingeniører.

Smittevernsenteret
Bemannes av smittevernoverlege, 5 smittevernsykepleiere og 1,5 tuberkulosekooridinator, Har ansvar for hygienespørsmål på UNN Tromsø, Harstad og Narvik, og i kommunehelsetjenesten.

Norsk overvåkningssystem for antibiotikaresistens hos mikrober (NORM)
Nasjonalt helseregister for overvåkning av antibiotikaresistens hos mikrober.

Nasjonalt kompetansesenter for påvisning av antibiotikaresistens (K-Res)
Er et nasjonalt senter for kompetanseoppbygging, kurs- og formidlingsvirksomhet innenfor antibiotikaresistens.

Historie

Under Finlandskrigen ble det i 1939 opprettet Mikrobiologisk beredskapstjeneste i Finnmark. Da krigen brøt ut i Norge i 1940, ble beredskapen flyttet nær frontlinjen, og det ble opprettet laboratorium i Målselv. Senere ble virksomheten flyttet til Tromsø, hvor Statens Bakteriologiske Laboratorium (SBL) kom i drift fra 1941.

Da Universitetet i Tromsø var et faktum, ble SBL i 1973 overført fra Staten til fylkeskommunen, og laboratoriet ble Mikrobiologisk avdeling ved Regionsykehuset i Tromsø. Fra 2002 til 2006 var laboratoriet Mikrobiologisk avdeling ved Universitetssykehuset Nord-Norge (UNN). I 2006 endret avdelingen navn til Avdeling for mikrobiologi og smittevern (AMS).         

Vårt analysetilbud

Analysetilbudet til Mikrobiologi og smittevern er beskrevet i laboratoriehåndboka for UNN,

Avdelingen jobber kontinuerlig for å ha et oppdatert analysetilbud som er i tråd med faglige anbefalinger og behov fra brukerne av laboratorietjenestene våre. Du som bruker av laboratorietjenestene har mulighet til å bidra til kontinuerlig forbedring av analysetilbudet ved å sende inn forbedringsforslag til avdelingens epost analysetilbud.ams@unn.no. Innkomne forbedringsforslag blir jevnlig behandlet, og du vil få tilbakemelding på hvordan ditt forbedringsforslag har blitt vurdert.

Forskning

Diagnostikk av levertrematoder
Avdelingen deltar i internasjonale prosjekter for utvikling av diagnostiske verktøy for påvisning av parasittinfeksjoner og evaluering av kontrollprogrammer. Fra sommeren 2010 har avdelingen gått inn i et firkantsamarbeid om forskning på levertrematoder med National Institute of Malariology, Parasitology and Entomology, Ministry of Health, Hanoi, Vietnam, Research Institute for Aquaculture No1, Bac Ninh, Vietnam, Research Institute for Aquaculture No3, Nha Trang, Vietnam og Faculty of Life Sciences, University of Copenhagen. Prosjektet handler i hovedsak om evaluering av det WHO-støttede kontrollprogrammet for levertrematoder i Nam Dinh-provinsen i Vietnam. En artikkel er publisert, og det arbeides med å etablere en PCR for diagnostikk i avføringsprøver.

Tore Lier

Antibiotika og antibiotikaresistens

Avdelingens strategiske satsing på antibiotikaresistens tar utgangspunkt i Norsk overvåkingssystem for antibiotikaresistens hos mikrober (NORM) og Nasjonal kompetansetjeneste for påvisning av antibiotikaresistens (K-Res). Forskningen innenfor tematikken utføres i nært samarbeid med Forskningsgruppe for vert-mikrobe interaksjoner og Forskningsgruppe for mikrobiell farmakologi og populasjonsbiologi ved UiT. Forskningen består av følgende hovedkomponenter:

1. Resistensmekanismer hos patogene bakterier: molekylær epidemiologi, metoder for påvisning og klinisk betydning
2. Faktorer som påvirker spredning og evolusjon av antibiotikaresistens
3. Virulensfaktorer hos Gram-positive bakterier
4. Nye strategier for å bekjempe antibiotikaresistens

I perioden 2013 – 2018 er fagmiljøet ved AMS engasjert i et NORAD-finansiert prosjekt innenfor forskning og høyere utdannelse i Malawi og Mozambique sammen med partnere fra University of Kwazulu-Natal i Durban, Sør-Afrika. Innenfor rammen av finansieringsprogrammet NORHED (The Norwegian Programme for Capacity Development in Higher Education and Research for Development) skal prosjektet “Antibiotic Stewardship in Sub-Saharan Africa” bidra til etablering av referanselaboratorier og utdannelsesprogrammer på master- og PhD-niva i Maputo (Mozambique) og Blantyre (Malawi). AMS bidrar med faglig kompetanse og veiledning. Den norske deltagelsen i prosjektet administreres ved UiT.

Ørjan Samuelsen/Kristin Hegstad

Molekylær luftveisdiagnostikk

Avdelingen samarbeider med Senter for internasjonal helse (SiH) ved Universitetet i Bergen om enepidemiologisk studie av luftveisvirus hos små barn med lungebetennelse. Virusstudien ble etablert itilslutning til intervensjonsstudier hvor man ga sink terapeutisk i tillegg til antibiotika ved lungebetennelse med tanke på å redusere sykdomsvarighet og andel med terapisvikt. En hypotese er at etiologi ved lungebetennelse kan ha betydning for effekten av sink. Terapeutisk effekt av sink er vist ved akutt diare hos barn. Personell fra AMS har instruert laboratoriepersonell i Nepal, og noe av arbeidet har vært utført ved UNN. En overlege ved avdelingen fikk i 2010 sin PhD med bakgrunn i prosjektet. De kliniske studiene er avsluttet, men mye materiale er fortsatt under publikasjon. 

To PhDkandidater ved Universitetet i Bergen bruker materiale fra studiene i sitt doktorgradsarbeid og har veiledning fra overlege ved AMS. Den ene kandidaten disputerer for PhD-graden i april 2016. I 2014 ble >600 nasopharynxaspirat fra en av studiene i Nepal reanalysert ved AMS ved hjelp av avdelingens PCR-luftveispanel med 15 agens. Resultatene presenteres med en e-poster pa 34th Annual Meeting of the European Society for Paediatric Infectious Diseases (ESPID 2016) i Brighton. Samarbeidet mellom UNN og SiH er i år utvidet til å inkludere mikrobiologiske avdelinger ved St. Olavs Hospital, Trondheim, og Innlandet sykehus, Lillehammer. Det er blant annet planlagt å utføre ytterligere analyser på tidligere innsamlet materiale fra nepalske barn med lungebetennelse.

Maria Mathisen

Hepatitt C virus  (HCV) infeksjoner i Nord-Norge, diagnostikk og behandlingHCV resistens og utfall av behandlingsrespons, en multisenterstudie i Midt-Sverige og Nord-Norge. Siden 2014 har UNN «baseline» resistenstestet pasienter som skal starte antiviral behandling. Sammen med Uppsala er vi de som har størst erfaring med en slik tilnærming i Norden. Dette blir nå sett på i en felles studie. HCV sykdomsutvikling i Nord-Norge frem mot 2050 er en prediksjon av leversykdom og assosierte sykdomstilstander basert på egne data i Nord-Norge og fra litteraturen. Dette er viktig for å gi en oversikt over utfordringer som landsdelen har, samtidig påpeke muligheter for intervensjon. 

Den 7. Tromsøundersøkelsen (Tromsø 7) startet våren 2015 og vil fortsette ut 2016. Det er planlagt inkludert 21 000 personer mellom 40 og 79 år (antatt 70 % fremmøte av 30 000 innkalte fra Tromsø kommune). Målet er å avdekke prevalensen av positiv antistoff-test for hepatitt C-virus og kunne oppspore pasienter med udiagnostisert kronisk hepatitt C.

Tore Jarl Gutteberg

GLOBVAC Breathe – HIV hos barn i Afrika

HIV hos barn i Afrika fører til alvorlige kompikasjoner på tross av behandling av viruset («Chronic Lung Disease in HIV-infected Children in Africa, a combined pediatric and microbiology project in Malawi, Zimbabwe, UK, SA, and Norway”). Norsk Forskningsråd sammen med UiT og UNN har et «40 million» prosjekt i Harare og Blantyre som ledes fra UiT og UNN i Tromsø. Prosjektet startet med sitt feltarbeid i 2016.

Prosjektet ser på HIV infiserte barn mellom 6 og 16 år som bor i Harare og Blantyre. Disse barna får anti-retroviral behandling, men noen av dem utvikler nedsatt lungeinfeksjon. En intervensjonsstudie for å se på om en kan påvirke denne uheldige utviklingen er målet. UNN sin rolle er å bidra med laboratorie- og pediatrikompetanse. Tore Jarl Gutteberg

Human papilloma virus (HPV)

 Human papilloma virus (HPV) kan føre til livmorhalskreft. Kan bruken av HPV mRNA gjøre denne diagnosen bedre? HPV og livmorhalskreft har vært et over 20 år interessefelt for Avd. for mikrobiologi og smittevern. I et samarbeid med Klinisk patologi har vi vært med på å fokusere på bruken av mRNA i diagnostikken av kreftutvikling. Til nå har prosjektet ført til 10 publikasjoner fra 2011 til 2016.

Tore Jarl Gutteberg

Helse Nord TB initiativeAvd. for mikrobiologi og smittevern, UNN og UiT deltar spesielt i veilederfunksjonen av PhD studenter og master studenter. Spesielt fokus på HIV-delen i dette initiativet har vært AMS sin oppgave. En av PhD-studentene har vært meget aktiv innen kvalitativ forskning på «Community-based HIV self-testing in couples living in densely populated Blantyre».

Polyomavirus og antivirale midlerSå langt kjenner vi til 13 ulike humane polyomavirus (HPyV). Etter primærinfeksjon, som gir få eller ingen symptomer, etablerer disse virusene en livslang infeksjon blant annet i nyrer og urinveier. Infeksjon med HPyV er svært vanlig og hver person er smittet av gjennomsnittlig 7 ulike HPyV. Hos personer som har et nedsatt immunforsvar, kan noen av disse virusene gi alvorlig sykdom. Vår forskning fokuserer på to av disse virusene BK Polyomavirus (BKPyV) og JC Polyomavirus (JCPyV). 

BKPyV kan gi BKPyV-nefropati hos nyretransplanterte pasienter og hemoragisk cystitt hos beinmargstransplanterte pasienter. Ved disse sykdommene formerer viruset seg kraftig i epitelceller i henholdsvis nyre og blære, noe som kan føre til irreversible og alvorlige skader av disse organene. JCPyV kan gi den ofte fatale sykdommen progressiv multifokal leukoencefalopati (PML). Sykdomsutviklingen ved PML skyldes at JCPyV formerer seg i bestemte celler i hjernen (oligodendrocytter) og ødelegger disse. Mens PML tidligere rammet hovedsakelig personer med lymfoproliferativ sykdom eller AIDS, rammer sykdommen nå også pasienter på immunmodulerende terapi som Tysabri (Natalizumab) mot svært aktiv multippel sklerose. Det finnes i dag ingen effektiv antiviral behandling for noen av disse sykdommene.

Hovedmålsetning for vår HPyV forskning er å finne en effektiv antiviral terapi mot BKPyV og JCPyV sykdom. Vi adresserer dette på to ulike måter:

1. Humane primære celler fra hjerne, nyre og blære, infiseres og behandles med ulike eksisterende eller nye medikamenter og påvirkning på virus replikasjon og vertscellenes viabilitet studeres
2. Utvikling av en effektiv antiviral terapi krever detaljerte kunnskaper om replikasjonssyklus til viruset. Vi jobber med å fremskaffe detaljerte kunnskaper om de ulike trinnene i replikasjonssyklus av BKPyV og JCPyV ved å studere replikasjon av virus i cellekultur.

KontaktpersonForsker Christine Hanssen Rinaldo, e-post: christine.rinaldo@unn.no, tlf: 77 75 58 64

Hepatitt E virus (HEV) som årsak til akutt og kronisk hepatitt  

Hepatitt (=leverbetennelse) kan blant annet skyldes infeksjon med ulike virus. Hepatitt E skyldes infeksjon med hepatitt E virus (HEV). Mens folk i Asia og Afrika smittes av HEV genotype 1 og 2 via forurenset vann, smittes mennesker i Europa i hovedsak av HEV genotype 3 ved å spise for dårlig varmebehandlet kjøtt og skjell, ved direkte kontakt med dyr (spesielt gris) samt ved blodprodukter og organtransplantasjon.

De fleste som smittes av HEV genotype 3 får en asymptomatisk infeksjon men noen vil utvikle forbigående akutt hepatitt, eller få ekstrahepatiske manifestasjoner som for eksempel nevrologiske forstyrrelser, hematologiske forstyrrelser, nyreskade, og pankreatitt. Pasienter med nedsatt immunforsvar kan få en kronisk HEV infeksjon som gir rask utvikling av leverchirrose. I de fleste tilfeller kan en kronisk HEV infeksjon behandles. Mens seroprevalens for HEV i Europa varierer fra 5 til 50 % finnes det fortsatt ingen publiserte studier av seroprevalens for HEV i Norge og testing av HEV inngår ikke i rutinemessig ved mistanke om viral hepatitt.

Hovedmålsetning for vår HEV forskning er å finne ut hvor vanlig HEV infeksjon er i Nord Norge for eventuelt å endre dagens diagnostiske praksis ved mistanke om viral hepatitt. Dessuten ønsker vi å gi informasjon om HEV til helsepersonell og befolkningen. Vi adresserer følgende:

1. Finne seroprevalens for HEV i voksen normalbefolkning i Tromsø ved å undersøke forekomst av antistoffer mot HEV (IgM og IgG) hos et utvalg på 1800 deltagere i den 7. Tromsøundersøkelsen
2. Finne forekomst av HEV ved akutt hepatitt i Nord Norge. Vi vil undersøke prøver fra pasienter med forhøyede leverenzym verdier og mistanke om viral hepatitt for HEV IgM, IgG og RNA
3. Sammenligne effekten av Ribavirin og et nytt antiviralt medikament med mindre bivirkninger på HEV infeksjon, ved å studere effekten på HEV infiserte leverceller i kultur.

Kontaktperson: Forsker Christine Hanssen Rinaldo, e-post: christine.rinaldo@unn.no, tlf: 77 75 58 64

Annen virusforskning:

Deltagelse i prosjektet ”Hepatitt C virus infeksjoner i Nord-Norge, diagnostikk og behandling”.

Prosjektet arbeider for en utvidelse mot en mer biologisk vinkling og å inkludere nye

pasientgrupper for behandling. Prosjektet vil inkludere resistenskarakterisering av HCV ved behandling med direct acting antivirals (DAA).

Deltagelse i prosjektet ≪Chronic Lung Disease in HIV-infected Children in Africa, a combined pediatric and microbiology project in Malawi, Zimbabwe, UK, SA, and Norway”.

Deltagelse i prosjektet “Human Papiloma Virus and Cervical Cancer. The usefulness of mRNA diagnostic in Cancer Development”.

KontaktpersonTore J Gutteberg

Befolkningsundersøkelser

Flått i nord

Virksomhetsbeskrivelser