Umiddelbart før undersøkelsen kan du få sprayet lokalbedøvelse i svelget. Denne virker i omtrent 1/2 time. Det hender at det blir gitt en sprøyte med beroligende middel. Du vil få plassert en plastring mellom tennene for å hindre at du biter i skopet. Eventuelle løse tenner må tas ut før undersøkelsen begynner.
Gastroskopet er en fingertykk bøyelig slange. Det er tynnere enn mye av den maten du svelger ned. Gastroskopet føres så inn gjennom munnen, nedover spiserøret og videre ned i magesekken og tolvfingertarmen. Luft blåses inn for å utvide området slik at den som undersøker deg får best mulig oversikt. Mens undersøkelsen pågår, ligger du på venstre side på en benk. Brekningstendens, trykkfornemmelse og oppblåsthet er vanlige ubehag.
Undersøkelsen tar vanligvis mellom 5 og 15 minutter.