Hvordan undersøkelsen blir utført vil variere ut fra årsaken til at du skal utredes.
Vanligvis ligger du på en benk med benholdere under undersøkelsen. Du kler av deg nedentil før undersøkelsen. Legen vil sette et instrument inn i skjeden din for å få oversikt. I enkelte tilfeller kan det være aktuelt å ta prøver i forbindelse med undersøkelsen, enten celleprøve eller vevsprøve. Dette avhenger av årsaken til at du er til gynekologisk undersøkelse. Legen vil også kjenne med to fingre i skjeden samtidig som han/hun kjenner på magen din. Dette for å få inntrykk av eventuelle oppfylninger i magen/underlivet, og få mer detaljert informasjon om disse. Det kan også være aktuelt å undersøke med en finger i endetarmen.
En gynekologisk undersøkelse hos gynekolog avsluttes vanligvis med vaginal ultralydundersøkelse.
Undersøkelsen gjør i utgangspunktet ikke vondt. Har du mye luft i tarmene ved undersøkelse av magen, kan du kjenne noe luftsmerter når vi trykker mot tarmen.