Risikovurdering av OXA-244-produserende E. coli

Etter melding av utbruddet med OXA-244 karbapenemase-produserende E. coli rundt Bergen i 2020 har ECDC utført en ny risikovurdering.

Høsten 2020 meldte FHI inn data angående utbruddet i Norge med OXA-244 produserende E. coli sekvenstype (ST) 38 til ECDC (se nyhet fra K-res 24.09.2020​). Totalt ble det i utbruddet påvist 12 tilfeller av E. coli ST38-OXA-244 hvorav seks var fra klinisk prøvemateriale og seks fra screening. Utbruddet involverte tre sykehus. Helgenomsekvensering ved Haukeland Universitetssykehus og ved K-res viste at de 12 isolatene var nært beslektet (se rapport fra K-res 04.06.2021).

På bakgrunn av utbruddet har ECDC innhentet nye genomsekvenser og data for E. coli ST38-OXA-244 fra referanselaboratorier i Europa. De nye dataene er brukt for å oppdatere tidligere risikovurdering av E. coli ST38-OXA-244. 

Som tidligere viser fylogenetisk analyse at E. coli ST38 kan deles inn i to hovedklynger (clusters) A og B. Klynge B består av E. coli ST38 med OXA-244 og CTX-M-14 og er i hovedsak representert av isolater fra en tidligere europeisk overvåkning i 2013-2015 (1) og overrepresentert av isolater fra Storbritannia. Klynge A består i hovedsak av nært beslektede E. coli ST38 med OXA-244 og CTX-M-27 som er geografisk utbredt og påvist i perioden 2016-2020. Isolatene fra utbruddet og andre E. coli ST38-OXA-244 fra Norge tilhører klynge A som i hovedsak er ansvarlig for økningen av E. coli ST38-OXA-244 i Europa siden 2017. 

Analysering av epidemiologiske data gir ikke noen klare svar på bakgrunnen for økningen og spredningen av E. coli ST38-OXA-244 i Europa. En stor andel av tilfellene (~50%) er assosiert med urinveisinfeksjon og data kan tyde på spredning i samfunnet i motsetning til innad i helseinstitusjoner. Data i forhold til reise var begrenset, men indikerer Nord Afrika og regioner i Midtøsten som mulige områder med høy andel av E. coli ST38-OXA-244 og at reise bidrar til introduksjon av E. coli ST38-OXA-244 til Europa. E. coli ST38 inkludert E. coli ST38 med OXA-48/OXA-244 har blitt påvist i miljø, mat og dyr og kan være en mulig kilde til spredning, men videre undersøkelser er nødvendig. 

Rapporten peker også på tidligere beskrevne utfordringer (se nyhetsbrev fra K-res 20.10.2020) i forhold til påvisning av OXA-244-produserende isolater. K-res kan bidra med karakteriserte E. coli ST38-OXA-244 isolater til evaluering av metoder. 

Den oppdaterte risikovurderingen til ECDC finnes her.

For spørsmål ta kontakt med Ørjan Samuelsen, Arnfinn Sundsfjord eller K-res@unn.no  

Referanser:
1. Grundmann H, Glasner C, Albiger B, Aanensen DM, Tomlinson CT, Andrasevic AT, et al. Occurrence of carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli in the European survey of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (EuSCAPE): a prospective, multinational study. Lancet Infect Dis. 2017 Feb;17(2):153-63.