Påvisning av karbapenemasegener hos Acinetobacter.

K-res har nylig evaluert en genetisk metode for påvisning av de mest vanlige karbapenemasegenene hos Acinetobacter species.

Karbapenemresistens hos Acinetobacter er i hovedsak forårsaket av ervervede/plasmidmedierte karbapenemasegener (ESBL-CARBA gener). De mest vanlig observerte karbapenemasene hos Acinetobacter inkluderer OXA β-laktamaser (ESBL-CARBA-D), tilhørende gruppene OXA-23-, OXA-24/-40- og OXA-58. De siste årene har det også vært en økende trend av Acinetobacter med ervervede metallo-β-laktamaser (ESBL-CARBA-B) i hovedsak NDM. Klasse A karbapenemaser (ESBL-CARBA-A) påvises sjeldent.

Flere fenotypiske tester for påvisning av karbapenemaser hos Acinetobacter har blitt beskrevet, men evalueringer har avdekket utfordringer i forhold til sensitivitet og spesifisitet. Videre eksisterer det ikke på nåværende tidspunkt spesifikke inhibitorer som hemmer OXA-karbapenemasene som dominerer hos Acinetobacter. Molekylære metoder som f.eks. PCR eller lateral-flow tester er derfor nødvendig for pålitelig påvisning av karbapenemaser hos Acinetobacter.

K-res har nylig evaluert eazyplex® SuperBug Acineto kit'et for påvisning av karbapenemasegener hos Acinetobacter fra bakteriekolonier på agarskål. Metoden baserer seg på loop-mediated isothermal amplification og påviser genvarianter av blaOXA-51, blaOXA-23, blaOXA-24/40, blaOXA-58 og blaNDM. blaOXA-51 koder for en iboende karbapenemase (OXA-51) hos Acinetobacter baumanii som på grunn av et vanligvis lavgradig uttrykk ikke medfører karbapenemresistens. Metoden ble evaluert ved hjelp av 75 Acinetobacter isolater med forskjellige karbapenemasegener påvist med helgenomsekvensering. Metoden påviste korrekt alle karbapenemasegenene i stammematerialet, inkludert isolater med to ervervede karbapenemasegener. Ingen falsk positive reaksjoner ble observert. Varianter av blaOXA-51-genet ble påvist hos alle A. baumannii isolatene, noe som samsvarer med at dette er et A. baumannii spesifikt gen.

Konklusjonen på evalueringen er at kit'et og metoden er pålitelig for påvisning av karbapenemasegener hos Acinetobacter isolert fra kolonier på agarskål. En svakhet ved evalueringen er begrenset diversitet i varianter av karbapenemasegener. Materialet inkluderte f.eks. bare blaNDM-1.  

Studien er nå publisert i Journal of Global Antimicrobial Resistance (https://doi.org/10.1016/j.jgar.2021.01.019).

Kontaktinformasjon
For spørsmål om studien kontakt: Laboratoriet (K-res@unn.no), Bjørg Haldorsen (Bjorg.Christina.Haldorsen@unn.no) eller Ørjan Samuelsen (orjan.samuelsen@unn.no)