Helsenorge

Fenotypisk påvisning av linezolidresistens hos enterokokker

K-res har i samarbeid med EUCAST Development Laboratory (EDL) evaluert fenotypiske metoder for påvisning av linezolidresistens hos Enterococcus faecium og Enterococcus faecalis

Bakgrunn
Linezolid anses for å være siste skanse i behandlingen av infeksjoner med multiresistente enterokokker, inkludert vankomycinresistente enterokokker. Forekomsten av linezolidresistens blant kliniske enterokokkisolater er fortsatt lav (<1%) på verdensbasis, men økende i mange land (Bender et al.,2018. Drug Resist Updat 40:25-39. doi: 10.1016/j.drup.2018.10.002). Både mutasjonsbaserte endringer i ribosomalt RNA og ribosomale proteiner samt genprodukter som kjemisk modifiserer (metylerer) ribosomet (cfr), kan endre ribosomet og hindre at linezolid binder seg. En annen type resistensmekanisme skyldes gener (optrA og poxtA) som produserer proteiner som beskytter ribosomet mot binding av linezolid. Både cfr, optrA og poxtA kan være lokalisert på mobile genetiske elementer (Bender et al., 2018; Brenciani et al., 2019. J Antimicrob Chemother 74:817-8. doi: 10.1093/jac/dky505).


På K-res har vi observert enkelttilfeller av diskrepans i resistenskategorisering av linezolid ved bruk av diskdiffusjon og gradienttest for påvisning av linezolidresistens hos Enterococcus faecium og Enterococcus faecalis. Vi har derfor gjennomført en studie der enterokokkisolater (n=82) mottatt på K-res fra de norske kliniske mikrobiologiske laboratoriene i perioden 2012-2019 ble inkludert. Studien ble presentert på en poster på ECCMID i juli 2021 (PDF) .

Metoder
Stammene ble definert som linezolidresistente (LRE; n=48) med MIC-bestemmelse (mikrobuljongfortynning; BMD) og/eller påvist linezolidresistensdeterminanter ved fullgenomsekvensering. De stammene som var følsomme for linezolid ved BMD og ikke hadde påviste linezolidresistensdeterminanter, ble definert som linezolid følsomme (LSE; n=34). 

EUCAST disk diffusjon ble utført med linezolid lapper fra Becton-Dickinson (BD) og Oxoid. MIC-bestemmelse ble utført med gradienttester fra Liofilchem (MTS) og bioMerieux (Etest) samt BMD (Sensititre, Thermo Fisher). 
Materialet ble undersøkt med disk diffusjon og BMD på EUCAST Development Laboratory (EDL) i Växjö. 

Resultater
Disk diffusjonsmetoden viste en god overenstemmelse mellom laboratoriene når man så på median sonediameter og følsomhetskategorisering (S/R). Imidlertid viste 5 LRE-stammer på K-res en linezolid sonediameter 20 mm (S> 20 R<20 mm) noe som medfører at de blir feilkategorisert som følsomme (S). Dette gjaldt 2 LR- E. faecalis stammer med optrA som viste sonediameter på 20 mm med BD-lapper, samt 3 LR-E. faecium stammer (poxtA (n=1) og G2567U (n=2) som hadde 20 mm sonediameter både med BD- og Oxoid-lapper.

MIC-bestemmelse av linezolid med gradienttester viste MIC 1-2 mg/L (S<4 R>4 mg/L) på LSE kolleksjonen, mens i LRE kolleksjonen varierte linezolid MIC mellom 4- >16 mg/L. Tre LRE stammer hadde en linezolid MIC på 4 mg/L, noe som også fører til at de blir feilkategorisert som følsomme (S).

Vi observerte også at MTS overestimerte linezolid MIC med 1- til 2-foldfortynninger sammenlignet med buljongfortynning, noe som medførte at seks av de linezolid følsomme stammene ble feilkategorisert som resistente (R).

Konklusjon
Metodesammenligningen viser at EUCAST disk diffusjon er en robust og reproduserbar metode for påvisning av linezolidresistens hos E. faecium og E. faecalis. Imidlertid kan mm-soner på 20 mm og MIC-verdier på 4 mg/L representere et område for teknisk usikkerhet. Disse bør undersøkes nærmere. Dette er foreløpig ikke anbefalt av EUCAST, men vi ber laboratoriene være oppmerksomme på dette, spesielt hvis prøvematerialet er assosiert med import og/eller bruk av linezolid.

Tusen takk til alle laboratoriene som har bidratt med stammer slik at vi har kunnet gjennomføre denne studien.

Eventuelle spørsmål kan rettes til Kristin Hegstad eller Arnfinn Sundsfjord.