Avlagt PhD-grad ved K-res
Cand. med Audun Sivertsen forsvarte 24. mars sin PhD-avhandling med tittelen: «Mobile genetic elements causing plasticity in E. faecium» ved Universitetet i Tromsø.
Kort sammendrag av avhandlingen:
I helseinstitusjoner er vankomycinresistente enterokokker (VRE) en fryktet bakterie som kan lage alvorlig infeksjonssykdom i pasienter med dårlig immunforsvar, og er vanskelig å behandle. Avhandlingen fokuserer på enterokokker, og hvordan disse bakteriene kan utvikle resistens mot antibiotika ved å overføre gener mellom hverandre. Vi har analysert to utbrudd av VRE i henholdsvis Sverige og Norge, og har funnet at VRE kan være på vei til å bli en mer vanlig patogen i skandinaviske sykehus.
Dagens diagnostiske verktøy er ikke i stand til å fange opp alle typer VRE. Dette har konsekvenser for både diagnostikk, resistensovervåkning og risiko for feilbehandling av svært syke pasienter. Nye gensekvenseringsteknologier kan se på genotypen i tillegg, noe som er viktig da vancomycinresistensgener kan være tilstede i bakterien uten at de utrykker dette.
I det ene utbruddet utviklet VRE resistens under behandling på grunn av mobile genetiske elementer (MGE), kalt IS-elementer som flyttet seg inn blant vankomycinresistensgenene og påvirket uttrykket deres. De kan da ikke påvises ved hjelp av dagens metoder som kun baserer seg på fenotypisk uttrykk.
Resultater fra doktorgraden har allerede ført til en endring i rådgiving på diagnostikk av VRE hos svært syke pasienter. Vi har også funnet at MGE’er har en stor evne til å rekombinere seg og danne varianter med ulikt geninnhold. Inntil nå har strukturen på disse elementene vært vanskelig å rekonstruere. Dermed har betydningen av MGE’er for bakterienes resistenspotensiale vært vanskelig å vurdere.
Man kan observere at disse elementene oppfører seg som Babushka-dukker ved å koble seg på hverandre, noe som kan føre til stor variasjon i hvilke egenskaper som overføres fra stamme til stamme. Såkalte long-read sekvenseringsmetoder er i stand til å rekonstruere strukturen på slike elementer. Metodene har kun vært kommersielt tilgjengelige de siste få år, og det er fortsatt er mye å lære om MGE’er og deres innvirkning på resistensutviklingen av bakterier.
Veiledere for oppgaven var Kristin Hegstad og Torunn Pedersen.